Moleculatioの内部で採用している技術と計算条件などのまとめ
macFUSE & SSHFSで実現するリモートファイルの快適アクセス
2原子分子の分子軌道ができる様子をアニメーションで見てみよう
WebMOで使える量子化学計算プログラム
Mac に Node.js をインストールする
Gaussian 16 の MacOSX 版を Apple シリコンで動作させる
Warp を MacOS にインストール
Miniconda を Mac にインストールする
日本語プログラミングフォント HackGen を MacOS にインストール
Minicondaをアンインストールする
Miniconda を Linux にインストールする
Linux ディストリビューションを確認する
Gaussian の Scan 計算から結果を抽出する
デフォルトの shell を変更する
RDKit のインストール
Psi4 のインストール
tar コマンドで特定ファイルを除外して圧縮する方法
Slack Bot を活用した研究室の出席管理システムを作ろう
Intel MKL のインストール
GAMESS のインストールガイド(Ubuntu 24.04 向け)
エチレンの円錐交差構造を探索する
Matbench Discovery:機械学習ポテンシャルのベンチマーク
systemd の設定項目
Nginx のリバースプロキシ設定
Singularity を使ってみよう
Xserver で FastAPI を利用するときの .htaccess の設定
React アプリで環境変数を正しく使うために
QM/MM Free Energy Perturbation (FEP) 法:基礎編
思いつきで作ったアプリのリスト
Nudged Elastic Band (NEB) 法で最小エネルギー経路を探索しよう
Qubit Duo: Let's Play with Quantum Bits!
Qubit Duo: 量子ビットで遊ぼう!
地球温暖化と温室効果ガス:温室効果ガスとの関わりを理解しよう
分子軌道ぬりえ
React プロジェクトへの Tailwind CSS の導入と使い方
Mac で React プロジェクトを作成し GitHub にデプロイする
卒論・修論チェックリスト(Version 2.0)
Luma AI Dream Machine で静止画像から動画を作ってみる
香りの化学:香りの不思議を解き明かそう
量子化学計算入門講座
エネルギー(eV)を波長(nm)に変換する
同じ分子なのに原子の並び方が合っていない2つの構造データを適切に並べ替える
String method for finding the minimum energy path on PES
このサイトで使っているカラーとアイコン
フォルダ構造図をテキスト(ASCII)で生成する Web アプリのメモ
Hugo:分子の構造データを読み込んで表示するときのお手軽ショートコード
MacOS の sed で上書きオプションなどが使えなかったりするときの対処
Hugo:コードブロックに SMILES を指定するだけで化学構造を表示する
ホタル生物発光の量子化学計算:Gaussian を使った ONIOM TD-DFT 計算
Obsidianのキーボードショートカット
Hugo:コードブロックに xyz 座標を指定するだけで分子を立体表示する
このサイトの Markdown + α 記法
Turbomole を用いた量子化学計算の基本的な手順:エチレンの DFT 計算を例として
VSCode で ファイルを保存するたびに Pixela のグラフをインクリメント(草を生やす)
Newton-X 2.6 と DFTB+ 24.1 の組み合わせで非断熱ダイナミクスを実行するための前準備
Mac でファイルの変更を検出する: fswatch の使い方
Plausible のデータを定期的に取得して過去 30 日間のアクセス数を表示する
DFTB+ 24.1 の modes ツールにあった些細だけどまあまあ致命的なバグ
DFTB+ 24.1 をインストール
LaTeX で Gaussian の入力ファイルをシンタックスハイライト
LaTeX 超入門
Overleaf で pLaTeX を使う
Newton-X を分子研スパコンでちょっと使ってみる
cpptrajでタンパク質周囲5Å以内にある水分子を抽出する
9999 残基以上あるときに cpptraj で PDB ファイルを出力するときの注意
VMDで基質周囲5Å以内にある水分子だけを表示する
これまでに出版されている量子化学計算のテキストをまとめてみた
PuzMol ペーパークラフト版のパッケージデザインができた
紙芝居プレゼン(KP)メソッドをお手軽に
Slackの教育支援プログラムに申し込んだ
Blueskyのアカウントを作った
卒論・修論チェックリスト
JSmol:分子の立体構造を可視化する JavaScript フレームワーク
HugoのTips:画像にキャプションを付ける
pipの覚え書き
mdBookでテーマファイルを作るときのTips
condaの覚え書き
mdBookで授業資料を作る
Dear Isasaka-sensei
Cloudinaryに画像をアップするフォルダアクション
キャロルの学校時間モデル
App Storeで購入したアプリの領収書を発行する
I've contracted COVID-19
svg 形式のアイコンを Scrapbox のタイトル画像用に整えるブックマークレット
Scrapbox を授業で活用しよう
mdBook の Tips : 入力する Markdown ファイルを1つだけで済ませる
Python で簡易 Web サーバー
mdBook でクイズを出題
cargo の tips
教師向けの GitHub Global Campus に応募した
サイトのカラーリングを「心を落ち着かせる色」にしてみた
mdBook を使ってみる
code コマンドを使えるようにする
気になるニュース:鎌状赤血球症の遺伝子編集治療
しずかなインターネットっていいな
Slido の有料プランに課金した
調和型関数 vs モース型関数:可視化して比較
構造最適化の説明に使えそうなグラフを描く
分極関数のはたらきを可視化する
スレーター型基底 vs ガウス型基底:可視化して比較
XserverにPython環境を構築
2原子分子の分子軌道のLCAO近似を可視化する
ChatGPTにお願いしたら一週間でWebアプリができた
Scrapbox の Tips : 更新状況を可視化する
Obsidian の Tips : 現在編集している Hugo コンテンツをプレビュー
スタバのタンブラー
Hugo の Tips : 迷惑メール対策 + メアドをコピー
Gyazo.com に画像をアップするフォルダアクション
PuzMol.com を作ったときのメモ
だいたい何でも箇条書き
Scrapbox で書くこと vs このサイトで書くこと
Blot の Tips : ファイルを隠す
PuzMol 作品 : お酒の化学
Pixela : 活動記録をヒートマップで表示するサービス
Obsidian での作業状況を可視化する
code ブロックに「コピーボタン」を設置する
Intel oneAPI Toolkit 2023 をインストール
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NBO で水素結合を解析するときの注意点
ヤマラボのホームページをリニューアル
ある領域の学びから多くの収穫を得るための8つの問い
日本語 Google Fonts をサブセット化して軽量に
Lucide : オープンソースのアイコン集
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Edit with VSCode and Obsidian
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