VMDで基質周囲５Å以内にある水分子だけを表示する

  • VMD で「特定の原子・分子・残基から一定距離以内にあるものだけ」を表示する方法

手順

  1. VMD を起動して、対象の分子構造ファイル（例：PDB ファイル）を読み込む
  2. GraphicsメニューからRepresentationsを選択し、表示設定のウィンドウを開く
  3. Create Repボタンをクリックして、適当なDrawing Method（例：VDW）を選ぶ
  4. Selected Atomsに、基質（例：resname LIG）の周りの5Å以内（within 5）にある水分子（water）を選択するコマンドを入力
same residue as (water within 5 of resname LIG)

  • same residue asを指定しないと、残基ごとではなく、「一定距離内にある原子がバラバラに」表示されてしまう

結果

計算化学
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