VMDで基質周囲５Å以内にある水分子だけを表示する

• VMD で「特定の原子・分子・残基から一定距離以内にあるものだけ」を表示する方法

手順

1. VMD を起動して、対象の分子構造ファイル（例：PDB ファイル）を読み込む
2. GraphicsメニューからRepresentationsを選択し、表示設定のウィンドウを開く
3. Create Repボタンをクリックして、適当なDrawing Method（例：VDW）を選ぶ
4. Selected Atomsに、基質（例：resname LIG）の周りの5Å以内（within 5）にある水分子（water）を選択するコマンドを入力

same residue as (water within 5 of resname LIG)

• same residue asを指定しないと、残基ごとではなく、「一定距離内にある原子がバラバラに」表示されてしまう

結果