cpptrajでタンパク質周囲５Å以内にある水分子を抽出する

AmberTools パッケージに含まれる cpptraj で、特定の分子・残基から一定距離以上のものを削除する方法

手順

次のようなシェルスクリプトを書いて、適当な名前（例：extract.sh）で保存して、実行（sh extract.sh）する

extract.sh
#!/bin/bash

module load amber/22u4

cmd="
parm ../topology.prmtop
trajin trajectory.mdcrd
reference reference.pdb
strip :Na+,Cl-
strip !(:1-541<:5.0)
trajout protein_water.pdb
"

echo "${cmd}" | cpptraj

スクリプトの解説

module load amber/22u4
- 分子研スパコンの場合、moduleでAmberToolsを読み込む
cmd="..."の部分で、cpptrajに渡すコマンドを定義
- parm ../topology.prmtop
  - トポロジーファイルtopology.prmtopを読み込む
- trajin trajectory.mdcrd
  - トラジェクトリファイルtrajectory.mdcrdを読み込む
- reference reference.pdb
  - 距離計算の基準となる参照構造としてreference.pdbを使う
- strip :Na+,Cl-
  - ナトリウム（Na+）と塩化物（Cl-）イオンを除去する
- strip !(:1-541<:5.0)
  - タンパク質（例：1〜541番目の残基）から5Å以上の距離にあるすべての原子を除去する
  - タンパク質とその周りの5Å以内にある水分子が残る
- trajout protein_water.pdb
  - 結果をPDBファイルprotein_water.pdbに出力する
echoコマンドでcmd変数の内容を出力し、パイプ（|）を使用してその出力をcpptrajに渡して実行する

結果

cpptraj

Posted : 24.02.22