cpptrajでタンパク質周囲5Å以内にある水分子を抽出する

手順

  • 次のようなシェルスクリプトを書いて、適当な名前(例:extract.sh)で保存して、実行(sh extract.sh)する
#!/bin/bash

module load amber/22u4

cmd="
parm ../topology.prmtop
trajin trajectory.mdcrd
reference reference.pdb
strip :Na+,Cl-
strip !(:1-541<:5.0)
trajout protein_water.pdb
"

echo "${cmd}" | cpptraj

スクリプトの解説

  • module load amber/22u4
  • cmd="..."の部分で、cpptrajに渡すコマンドを定義
    • parm ../topology.prmtop
      • トポロジーファイルtopology.prmtopを読み込む
    • trajin trajectory.mdcrd
      • トラジェクトリファイルtrajectory.mdcrdを読み込む
    • reference reference.pdb
      • 距離計算の基準となる参照構造としてreference.pdbを使う
    • strip :Na+,Cl-
      • ナトリウム(Na+)と塩化物(Cl-)イオンを除去する
    • strip !(:1-541<:5.0)
      • タンパク質(例:1〜541番目の残基)から5Å以上の距離にあるすべての原子を除去する
      • タンパク質とその周りの5Å以内にある水分子が残る
    • trajout protein_water.pdb
      • 結果をPDBファイルprotein_water.pdbに出力する
  • echoコマンドでcmd変数の内容を出力し、パイプ(|)を使用してその出力をcpptrajに渡して実行する

結果

計算化学
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