9999 残基以上あるときに cpptraj で PDB ファイルを出力するときの注意

• PDB 形式には、残基番号（resSeq）は 9999 まで、原子番号（serial）は 99,999 までという制限がある
• 上記の制限を超えると、カウントが 0 に戻ってしまう（10000 のはずが 0 と表示される）場合があって、残基番号や原子番号が重複して困るかも知れない
• でもまあ、Amber の leap や ambpdb などで出力される PDB ファイルの場合、残基番号の 10000 越えは問題なかった（普通に出力された）
• ところがcpptraj の場合、PDB ファイルを出力すると、残基番号が 10000 越えしたときにカウントが 0 に戻っていて、ちょっとビックリした

References

• Biopython documentation on reading large PDB files
• Introduction to Protein Data Bank Format
• What to do about pdb files when residue index goes above 9999
• Regarding maximum molecular system size (Amber Archive Nov 2023)