Hugo：分子の構造データを読み込んで表示するときのお手軽ショートコード

分子の構造データを読み込んで立体表示したいとき、次のような shortcode 機能を使うと、お手軽にできます

shortcode

次のようなショートコードをlayout/shortcodeにmolview.htmlとして保存します

{{ $file := .Get "file" }}
{{ $type := .Get "type" | default "pdb" }}
{{ $zoomto := .Get "zoomto" }}
{{ $rand := delimit (seq 9 | shuffle) "" }}
{{ with $file }}
<div
  class='viewer_3Dmoljs'
  style='height:100%; width:400px;'
  data-href='{{ . }}'
  data-type='{{ $type }}'
  data-backgroundcolor='#fff'
  data-style1='cartoon'
  {{ with $zoomto }}data-zoomto='{{ $zoomto }}'{{ end }}
  data-spin='axis:vy;speed:0.5'
/></div>
{{ end }}

`<head>`

ヘッダーの部分に、次のように追記します。

head.html
<script src="https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js"></script>

使い方

{{< molview file="/path/to/構造データ.pdb" >}}

Tips

タンパク質など、読み込む構造データのサイズが大きいときには、水素を除去しておいた方が良いかもしれません

構造データ.pdb (1.1 MB)

ATOM      1  N   ASP     1      68.187  60.503  45.161  1.00  0.00           N  
ATOM      2  H1  ASP     1      69.050  60.619  44.639  1.00  0.00           H  
ATOM      3  H2  ASP     1      67.471  60.208  44.504  1.00  0.00           H  
ATOM      4  H3  ASP     1      67.943  61.404  45.540  1.00  0.00           H  
ATOM      5  CA  ASP     1      68.357  59.506  46.237  1.00  0.00           C  
ATOM      6  HA  ASP     1      69.276  59.724  46.784  1.00  0.00           H  
ATOM      7  CB  ASP     1      67.185  59.591  47.233  1.00  0.00           C  
ATOM      8  HB2 ASP     1      67.149  60.604  47.638  1.00  0.00           H  
ATOM      9  HB3 ASP     1      66.253  59.408  46.701  1.00  0.00           H  
ATOM     10  CG  ASP     1      67.295  58.605  48.401  1.00  0.00           C  
ATOM     11  OD1 ASP     1      68.375  57.991  48.549  1.00  0.00           O  
ATOM     12  OD2 ASP     1      66.303  58.459  49.154  1.00  0.00           O

grep -v " H " 構造データ.pdb > 構造データ_noH.pdb

構造データ_noH.pdb (521 KB)

ATOM      1  N   ASP     1      68.187  60.503  45.161  1.00  0.00           N  
ATOM      5  CA  ASP     1      68.357  59.506  46.237  1.00  0.00           C  
ATOM      7  CB  ASP     1      67.185  59.591  47.233  1.00  0.00           C  
ATOM     10  CG  ASP     1      67.295  58.605  48.401  1.00  0.00           C  
ATOM     11  OD1 ASP     1      68.375  57.991  48.549  1.00  0.00           O  
ATOM     12  OD2 ASP     1      66.303  58.459  49.154  1.00  0.00           O

占有率や温度因子などを削除すると、もっと軽くなりますね

構造データ_noH_simple.pdb (321 KB)

ATOM      1  N   ASP     1      68.187  60.503  45.161
ATOM      5  CA  ASP     1      68.357  59.506  46.237
ATOM      7  CB  ASP     1      67.185  59.591  47.233
ATOM     10  CG  ASP     1      67.295  58.605  48.401
ATOM     11  OD1 ASP     1      68.375  57.991  48.549
ATOM     12  OD2 ASP     1      66.303  58.459  49.154

hugo

Posted : 24.05.07