量子化学13 hugo12 教育12 計算化学11 開発7 scrapbox6 mdBook5 blot4 obsidian4 bookmarklet3 DFTB3 LaTeX3 pixela3 automator2 Gaussian2 NewtonX2 tool2 3dmol1 mac1 PuzMol1 python1 turbomole1 Web1 コンパイラ1
ホタル生物発光の量子化学計算：Gaussian を使った ONIOM TD-DFT 計算
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Turbomole を用いた量子化学計算の基本的な手順：エチレンの DFT 計算を例として
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Newton-X 2.6 と DFTB+ 24.1 の組み合わせで非断熱ダイナミクスを実行するための前準備
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DFTB+ 24.1 をインストール
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Newton-X を分子研スパコンでちょっと使ってみる
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9999 残基以上あるときに cpptraj で PDB ファイルを出力するときの注意
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cpptrajでタンパク質周囲５Å以内にある水分子を抽出する
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VMDで基質周囲５Å以内にある水分子だけを表示する
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これまでに出版されている量子化学計算のテキストをまとめてみた
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JSmol：分子の立体構造を可視化する JavaScript フレームワーク
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ブラウザーで分子を立体表示する
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